1. Anasayfa

Ders Notları

100% Complete (success)
Dikkat !!! Lütfen okuyunuz ...

Öğretim Üyesi (Üyeleri): Prof. Dr. Arzu Fındık *

(*) Ders notu girebilmek için, bu alanda kendi isminiz yazıyor olmalı...

  • Bologna verilerinin girilmesi;
    ubys.omu.edu.tr adresinden,
    ÜBYS' de Öğretim Elemanları yetkisi seçilmeli... Öğretim elemanı danışmanlık işlemlerinden yapabilirsiniz...
Yıl: 2025, Dönem: Güz
VMK707, Bakterilerde Moleküler Tiplendirme (mufredatId:6565, dersId: 111319, programId: 5256)
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar

Veterinerlik Mikrobiyolojisi Anabilim Dalı Doktora programında dönem dönem açılan dersin öğrenciler tarafından takip edilmesi istenilen zorunlu bir kitabı bulunmamaktadır. Ders PPT formatında hazırlanan sunumlar ile yürütülmektedir. Ders sunumları öğrenci ile paylaşılmaktadır. Ders sunumlarını içeren 14 haftalık program ve içerikleri öğrencilere teslim edilmektedir. Öğrenci dönem başında tüm sunumları önceden temin ettiği için derse hazırlıklı gelmektedir.

Dersin İçeriği

Moleküler tiplendirme nedir? Amaçları ve kullanım alanları Moleküler biyolojinin temel kavramları (DNA, PCR, elektroforez, sekanslama) DNA izolasyonu ve kalite kontrolü PCR temelli teknikler: RAPD, Rep-PCR, ERIC-PCR, MLVA Gen sekanslama temelli yöntemler: 16S rRNA analizi, MLSA, WGS DNA parmak izi teknikleri: PFGE, RFLP Plazmid profili analizi ve antibiyotik direnç genlerinin tiplendirilmesi Genomik benzerlik analizi ve soy ilişkilerinin belirlenmesi Bioinformatik araçlar ve filogenetik analiz Moleküler epidemiyoloji: Salgın takibi ve kaynağın belirlenmesi Tiplendirme sonuçlarının epidemiyolojik verilerle birleştirilmesi Uluslararası veri tabanları (PubMLST, NCBI, cgMLST, EnteroBase vb.)

Dersin Amacı

Bu dersin amacı, lisansüstü öğrencilerin bakteriyel ajanların moleküler düzeyde tanımlanması ve sınıflandırılmasına yönelik yöntemleri öğrenmelerini, epidemiyolojik araştırmalarda kullanılan moleküler tiplendirme tekniklerine hâkim olmalarını,klinik ve çevresel izolatlar arasında genetik ilişkilendirme yapabilmelerini, moleküler verilerin analiz edilmesi ve yorumlanmasına yönelik temel beceriler geliştirmelerini sağlamaktır.

Haftalık Ders İçeriği

Hafta Teorik Uygulama Laboratuar Ders Notları
1 Moleküler tiplendirmeye giriş: Tanım, amaç ve kullanım alanları Moleküler tiplendirmeye giriş: Tanım, amaç ve kullanım alanları
2 DNA yapısı, izolasyonu, kalite kontrolü DNA yapısı, izolasyonu, kalite kontrolü
3 PCR tekniklerinin prensipleri ve çeşitleri (konvansiyonel, real-time PCR) PCR tekniklerinin prensipleri ve çeşitleri (konvansiyonel, real-time PCR)
4 RAPD, Rep-PCR, ERIC-PCR teknikleri RAPD, Rep-PCR, ERIC-PCR teknikleri
5 DNA parmak izi teknikleri: PFGE ve RFLP DNA parmak izi teknikleri: PFGE ve RFLP
6 MLVA ve plazmid profili analiz yöntemleri MLVA ve plazmid profili analiz yöntemleri
7 16S rRNA ve MLSA temelli sekanslama yöntemleri 16S rRNA ve MLSA temelli sekanslama yöntemleri
8 Öğrenci sunumları Öğrenci sunumları
9 WGS (Whole Genome Sequencing) ve tiplendirmede kullanımı WGS (Whole Genome Sequencing) and Its Use in Typing
10 Genetik ilişki analizi: Dendrogram ve filogenetik ağaç oluşturma Genetik ilişki analizi: Dendrogram ve filogenetik ağaç oluşturma
11 Moleküler epidemiyoloji ve zoonotik salgın izleme Moleküler epidemiyoloji ve zoonotik salgın izleme
12 Antibiyotik direnç genlerinin tiplendirilmesi Antibiyotik direnç genlerinin tiplendirilmesi
13 Veritabanları ve veri paylaşımı: PubMLST, NCBI, EnteroBase Veritabanları ve veri paylaşımı: PubMLST, NCBI, EnteroBase
14 Öğrenci sunumları ve genel değerlendirme Öğrenci sunumları ve genel değerlendirme