Ders Notları

100% Complete (success)
Dikkat !!! Lütfen okuyunuz ...

Öğretim Üyesi (Üyeleri): Prof. Dr. Münir TUNÇER *

(*) Ders notu girebilmek için, bu alanda kendi isminiz yazıyor olmalı...

  • Farklı bir isim yazıyor veya boş geliyor ise; ubs.omu.edu.tr adresinden, Öğrenci Web (Öğretim Üyesi) modülü seçilmeli,
  • Bologna Süreci -> Ders Öğretim Planları seçilmeli,
  • Açılan pencerede, ders verdiğiniz Fakülte, Bölüm, Ders seçilerek, Öğretim Üyesi (Üyeleri) alanına isminizi yazmalısınız...
Yıl: 3, Dönem: 6
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar

Daniel C. Liebler: Introduction to Proteomics: Tools for the New Biology

Dersin İçeriği

Proteomik ve yeni biyoloji. Proteom. Analitik proteomike genel bakış. Analitik protein ve peptid ayrıştırma. Protein sindirim teknikleri. Protein ve peptid analizlari için kütle spektrometreleri. Peptid kütle parmakizi tekniğiyle proteinlerin tanımlanması. Ardışık-MS ile peptid sekans analizi. Ardışık-MS verisiyle protein tanımlama. SALSA: ardışık-MS verisinin özgün özelliklerinin kazılması için bir algoritma. Proteomların kazılması. Protein ekspresyon profillerinin çıkartılması. Protein-protein interaksiyonlarının ve protein komplekslerinin tanımlanması. Protein modifikasyonlarının haritalanması ve Proteomikin geleceği.

Dersin Amacı

Biyolojik çalışmaların önemli bir konusunu oluşturan proteinlerin büyük-ölçekli tanımlanmasını ifade eden proteomiğin temel prensiplerini kavramak.

Haftalık Ders İçeriği

Hafta Teorik Uygulama Laboratuar Ders Notları
1 Proteomik ve yeni biyoloji 1-Proteomik-1-Son.ppt
2 Proteom
3 Analitik proteomike genel bakış
4 Analitik protein ve peptid ayrıştırma
5 Protein sindirim teknikleri
6 Protein ve peptid analizlari için kütle spektrometreleri 2-Proteomik-2.ppt
7 Peptid kütle parmakizi tekniğiyle proteinlerin tanımlanması
8 Ara Sınav
9 Ardışık-MS ile peptid sekans analizi.
10 Ardışık-MS verisiyle protein tanımlama
11 SALSA: ardışık-MS verisinin özgün özelliklerinin kazılması için bir algoritma.
12 Proteomların kazılması
13 Protein ekspresyon profillerinin çıkartılması
14 Protein-protein interaksiyonlarının ve protein komplekslerinin tanımlanması
15 Protein modifikasyonlarının haritalanması ve Proteomikin geleceği
16 Final Sınavı

Değerlendirme

# Etkinlikler Adet Yuzde Katkısı Yarıyıl İci Etkinlik Yıl Sonu Etkinlik
90 Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri 1 40
91 Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri 1 60
1 Ara Sınav 1 50 1
4 Quiz 5 20 1
5 Derse Katılım 14 10 1
23 Proje Sunma 1 20 1
2 Final Sınavı 1 100 1

Ders İş Yükü Verisi

# Etkinlikler Adet Süresi(saat) Toplam İş Yükü(saat)
1 Ara Sınav 1 1 1
2 Final Sınavı 1 1 1
4 Quiz 5 1 5
5 Derse Katılım 14 2 28
22 Proje Hazırlama 1 15 15
23 Proje Sunma 1 1 1
29 Bireysel Çalışma 12 1 12
32 Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma 1 10 10
33 Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma 1 15 15
52 Quiz için Bireysel Çalışma 5 5 25
54 Ev Ödevi 1 10 10

Dersin Öğrenme Çıktıları

# Öğrenme Çıktı Id Açıklama
1 1506050 Büyük-ölçekli protein analizinin gerekliliğini kavrama
2 1506051 Proteom içeriğinin genom içeriğinden farklılığını kavrama
3 1506052 Proteomun dinamik ve karmaşıklığını kavrama
4 1506053 Proteoma dayalı olarak canlıların fonksiyonlarını tanımlayabilme
5 1506054 Protein interaksiyonlarının ve ağlarının önemini kavrama
6 1506055 Proteom analizlerinde biyoinformatiğin önemini kavrama

Bölüm Program Çıktıları

# Program Çıktı Id Açıklama
1 78414 Moleküler biyoloji ve genetik alanında kuramsal ve uygulamalı bilgilere sahip olma, güncel teknikleri ve analiz yöntemlerini kullanabilme
2 78415 Moleküler biyoloji ve genetik ile ilgili problemleri tanımlama, deney tasarlama ve gerçekleştirme, verileri çözümleme ve sonuçları yorumlayarak çözüm yolları üretebilme
3 78416 Hayat boyu öğrenmenin önemini benimseme ve alanı ile ilgili güncel gelişmeleri takip ederek kendini geliştirebilme
4 78421 Verilerin toplanması, yorumlanması ve sonuçlarının duyurulması aşamalarında bilimsel ve mesleki etik değerlere uygun hareket etme
5 78417 Alanında edindiği bilgi ve becerileri eleştirel bir yaklaşımla değerlendirebilme ve yeni fikirleri uygulamaya istekli olma
6 78418 Alanı ile ilgili konularda ilgili kişi ve kurumları bilgilendirebilme, düşüncelerini ve sorunlara ilişkin çözüm önerilerini yazılı ve sözlü olarak aktarabilme
7 78420 Ulusal veya uluslararası toplumsal sorunların çözümünde uyumlu bir şekilde takım çalışması yapabilme
8 78419 Kuramsal ve uygulamalı çalışmalardan elde ettiği verileri toplumsal sorunların çözümüne uygulamaya istekli olma
9 79300 Kalite ve güvenlik konularında bilinçli olabilme

Ögrenme Çıktı Matrisi

Program Çıktısı
1 2 3 4 5 6 7 8 9
Öğrenme Çıktısı
1 4 4 2 2 3 2 2 2
2 5 5 4 3 2 2 2 3
3 3 3 3 2 3 1 2 3
4 4 4 4 2 4 2 3 2
5 4 3 4 4 2 3 1 3
6 3 3 2 3 3 2 1 2
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek

İletişim Bilgileri

Adres:
Ondokuz Mayıs Üniversitesi Rektörlük Binası Kurupelit Kampüsü, 55139 Atakum / SAMSUN
Telefon:
(362) 312 19 19
Eposta:
iletisim@omu.edu.tr