Ders Notları

100% Complete (success)
Dikkat !!! Lütfen okuyunuz ...

Öğretim Üyesi (Üyeleri): Dr. Öğr. Üyesi Hilal AY *

(*) Ders notu girebilmek için, bu alanda kendi isminiz yazıyor olmalı...

  • Farklı bir isim yazıyor veya boş geliyor ise; ubs.omu.edu.tr adresinden, Öğrenci Web (Öğretim Üyesi) modülü seçilmeli,
  • Bologna Süreci -> Ders Öğretim Planları seçilmeli,
  • Açılan pencerede, ders verdiğiniz Fakülte, Bölüm, Ders seçilerek, Öğretim Üyesi (Üyeleri) alanına isminizi yazmalısınız...
Yıl: 3, Dönem: 5
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar

Selzer, P. M., Marhöfer, R. J., ve Koch, O. (2018). Applied Bioinformatics. An Introduction–Springer. Springer, Cham. Keith, J. M. (2008). Bioinformatics: Volume I Data, Sequence Analysis and Evolution (Methods in Molecular Biology). Humana Press. Lesk, A. (2014). Introduction to Bioinformatics. Oxford University Press.

Dersin İçeriği

Biyoinformatiğin tanımı ve kısa tarihçesi; Biyoinformatiğin biyolojik temelleri; Biyolojik veri tabanları, Nükleotid dizi veri tabanları; Protein dizi veri tabanları; Moleküler yapı veri tabanları; Dizi karşılaştırmaları, İkili ve çoklu dizi hizalama; Dizi analizinde kullanılan algoritmalar ve yazılımlar; Tüm genom dizileme, Yeni nesil dizileme teknikleri; STS ve EST dizileriyle genom karakterizasyonu; Protein yapıları ve protein yapılarının analizi; Genomların işlevsel analizi, DNA mikrodizinleri; İşlevsel proteomik, Protein dizinleri; Karşılaştırmalı genom analizleri

Dersin Amacı

Öğrencilere, biyolojik veri tabanlarından gen ve protein dizileri ile ilgili verileri elde edebilme ve bu verileri biyoinformatik araçları kullanarak analiz edebilme becerisi kazandırılacaktır.

Haftalık Ders İçeriği

Hafta Teorik Uygulama Laboratuar Ders Notları
1 Biyoinformatiğin Tanımı ve Kısa Tarihçesi - - 4 October, 2020 - Biyoinformatiğe Giriş 1.mp4
Biyoinformatiğe Giriş-1.pptx
https://drive.google.com/file/d/1HRKEbVAQ7DkJFFd51jtb4DhFOM_jvGY7/view?usp=shari
2 Biyoinformatiğin Biyolojik Temelleri; Nükleik Asitler ve Proteinler - - DNA animations by wehi.tv for Science-Art exhibition.mp4
Biyoinformatiğe Giriş-1.pptx
https://drive.google.com/file/d/1HRKEbVAQ7DkJFFd51jtb4DhFOM_jvGY7/view?usp=shari
3 Biyolojik Veri Tabanları; Nükleotid Dizi Veri Tabanları - - 20 October, 2020 - Biyolojik veri tabanları.mp4
https://drive.google.com/file/d/1DCQ6mxdRUbW-WCKlrpECuCTiBJ704bVF/view?usp=shari
Biyoinformatiğe Giriş-2.pptx
4 Protein Dizi Veri Tabanları - - 3 November, 2020 - Protein dizi veri tabanları.mp4
Biyoinformatiğe Giriş-3.pptx
https://www.youtube.com/watch?v=9IYI4QDVPa0
5 Moleküler Yapı Veri Tabanları - - Genotip-Fenotip Veritabanları.mp4
https://www.youtube.com/watch?v=yTchsQVqpao
Biyoinformatiğe Giriş-4.pptx
6 Dizi Karşılaştırma Analizleri; İkili ve Çoklu Hizalamalar - - Dizi karşılaştırma.mp4
https://www.youtube.com/watch?v=HXEpBnUbAMo
Biyoinformatiğe Giriş-5.pptx
7 Dizi Analizinde Kullanılan Algoritmalar ve Yazılımlar - - Dizi karşılaştırma-2.mp4
Biyoinformatiğe Giriş-6.pptx
8 Genom Dizileme ve Yeni Nesil Dizileme Teknikleri - - Yeni Nesil Dizileme.mp4
https://www.ebi.ac.uk/training/online/course/ebi-next-generation-sequencing-prac
9 Ara Sınav - -
10 STS ve EST Dizileriyle Genom Karakterizasyonu - - Biyoinformatiğe Giriş-7.pptx
Dizi Etiketli Bölgeler (STS).mp4
11 Protein Yapıları ve Protein Yapılarının Analizi - - Farmakogenetik.mp4
Biyoinformatiğe Giriş-8.pptx
12 Genomların İşlevsel Analizi; DNA Mikrodizinleri - - DNA Mikrodizin Teknolojisi.mp4
Biyoinformatiğe Giriş-9.pptx
13 İşlevsel Proteomik; Protein Dizinleri - - Proteomik.mp4
Biyoinformatiğe Giriş-10.pptx
14 Karşılaştırmalı Genom Analizleri - - How to sequence the human genome - Mark J. Kiel.mp4
Biyoinformatiğe Giriş-11.pptx
15 Final - -
16 Final - -

Değerlendirme

# Etkinlikler Adet Yuzde Katkısı Yarıyıl İci Etkinlik Yıl Sonu Etkinlik
90 Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri 0 40
91 Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri 0 60
1 Ara Sınav 1 70 1
20 Rapor Hazırlama 3 30 1
2 Final Sınavı 1 100 1

Ders İş Yükü Verisi

# Etkinlikler Adet Süresi(saat) Toplam İş Yükü(saat)
1 Ara Sınav 1 2 2
2 Final Sınavı 1 2 2
4 Quiz 2 1 2
5 Derse Katılım 13 2 26
9 Problem Çözümü 10 1 10
32 Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma 5 3 15
33 Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma 6 3 18

Dersin Öğrenme Çıktıları

# Öğrenme Çıktı Id Açıklama
1 1569713 Mevcut genomik ve proteomik veri tabanları hakkında bilgi edinir
2 1569714 Genomik ve proteomik veri tabanlarında (GenBank, SwissProt, vb.) arama yaparak verilere ulaşabilir ve internetten ulaşabileceği yazılımları (BLAST, ClustalW vb.) kullanarak sonuçlarını analiz edebilir
3 1569715 Biyolojik dizi verilerini nasıl karşılaştırıp analiz edeceğini ve sonuçlarını nasıl yorumlayacağını öğrenir
4 1569716 Biyolojik dizi verilerini temel alan filogenetik ağaçları nasıl oluşturacağını öğrenir
5 1569717 Mikrodizinlerin prensipleri ve uygulama alanları hakkında bilgi edinir
6 1569718 Temel karşılaştırmalı genom analizlerini uygulayabilir

Bölüm Program Çıktıları

# Program Çıktı Id Açıklama
1 78414 Moleküler biyoloji ve genetik alanında kuramsal ve uygulamalı bilgilere sahip olma, güncel teknikleri ve analiz yöntemlerini kullanabilme
2 78415 Moleküler biyoloji ve genetik ile ilgili problemleri tanımlama, deney tasarlama ve gerçekleştirme, verileri çözümleme ve sonuçları yorumlayarak çözüm yolları üretebilme
3 78416 Hayat boyu öğrenmenin önemini benimseme ve alanı ile ilgili güncel gelişmeleri takip ederek kendini geliştirebilme
4 78421 Verilerin toplanması, yorumlanması ve sonuçlarının duyurulması aşamalarında bilimsel ve mesleki etik değerlere uygun hareket etme
5 78417 Alanında edindiği bilgi ve becerileri eleştirel bir yaklaşımla değerlendirebilme ve yeni fikirleri uygulamaya istekli olma
6 78418 Alanı ile ilgili konularda ilgili kişi ve kurumları bilgilendirebilme, düşüncelerini ve sorunlara ilişkin çözüm önerilerini yazılı ve sözlü olarak aktarabilme
7 78420 Ulusal veya uluslararası toplumsal sorunların çözümünde uyumlu bir şekilde takım çalışması yapabilme
8 78419 Kuramsal ve uygulamalı çalışmalardan elde ettiği verileri toplumsal sorunların çözümüne uygulamaya istekli olma
9 79300 Kalite ve güvenlik konularında bilinçli olabilme

Ögrenme Çıktı Matrisi

Program Çıktısı
1 2 3 4 5 6 7 8 9
Öğrenme Çıktısı
1 5 5 4 3 3 2 2 2
2 5 5 4 3 3 3 2 2
3 5 5 4 3 3 3 3 3
4 5 5 4 2 3 2 3 2
5 5 5 4 2 2 1 2 1
6 5 5 4 2 2 2 2 3
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek

İletişim Bilgileri

Adres:
Ondokuz Mayıs Üniversitesi Rektörlük Binası Kurupelit Kampüsü, 55139 Atakum / SAMSUN
Telefon:
(362) 312 19 19
Eposta:
iletisim@omu.edu.tr