Ders Notları

100% Complete (success)
Dikkat !!! Lütfen okuyunuz ...

Öğretim Üyesi (Üyeleri): Doç. Dr. Kamil Işık - Prof. Dr. Nevzat Şahin *

(*) Ders notu girebilmek için, bu alanda kendi isminiz yazıyor olmalı...

  • Farklı bir isim yazıyor veya boş geliyor ise; ubs.omu.edu.tr adresinden, Öğrenci Web (Öğretim Üyesi) modülü seçilmeli,
  • Bologna Süreci -> Ders Öğretim Planları seçilmeli,
  • Açılan pencerede, ders verdiğiniz Fakülte, Bölüm, Ders seçilerek, Öğretim Üyesi (Üyeleri) alanına isminizi yazmalısınız...
Yıl: 1, Dönem: 1
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar

Handbook of New Bacterial Systematics. Edt: M. Goodfellow and A.G. O'Donnell, Academic Press, London, 1993. Applied Microbial Systematics, Priest F G. and Goodfellow, Kluwer Academic Publishers, 2000.

Dersin İçeriği

Bakteri sistematiğinde temel kurallar, bakterilerin sistematikteki tarihsel yeri, biyolojik ve prokaryotik tür kavramı. İzolasyon, identifikasyon ve klasifikasyon. Test organizmalarının izolasyonu ve gruplandırılması, Genomik DNA izolasyonu. 16S rRNA gen bölgesinin PCR amplifikasyonu. 16S rRNA sekansı ve filogenetik analizler. Akraba tip türlerinin seçimi. Fenotipik testlerin belirlenmesi ve uygulanması. Kemotaksonomik analizler. Yağ asiti ekstraksiyonu ve analizi. Mikolik asit ekstraksiyonu ve analizi. Menakinonların izolasyonu ve analizi. Şeker izolasyonu ve analizi. Lipidlerin izolasyonu ve analizi. DNA-DNA hibridizasyonu. Houskiping genler ve önemi. Test sonuçlarının değerlendirilmesi.

Dersin Amacı

Prokaryotik tür tanımını kavramak, Prokaryotik sistematiğn esaslarını anlamak, farklı alanlardan elde edilen verileri analiz ederek bir izolatı geçerli taksonlara yerleştirebilmenin esaslarını öğrenmek.

Haftalık Ders İçeriği

Hafta Teorik Uygulama Laboratuar Ders Notları
1 Bakteri sistematiğinde temel kurallar
2 Bakterilerin sistematikteki tarihsel yeri
3 Biyolojik ve prokaryotik tür kavramı
4 İzolasyon, identifikasyon ve klasifikasyon
5 Test organizmalarının izolasyonu ve gruplandırılması
6 Genomik DNA izolasyonu
7 16S rRNA gen bölgesinin PCR amplifikasyonu
8 16S rRNA sekansı ve filogenetik analizler
9 Akraba tip türlerinin seçimi. Fenotipik testlerin belirlenmesi ve uygulanması
10 Ara Sınav
11 Kemotaksonomik analizler: Yağ asiti ekstraksiyonu ve analizi. Mikolik asit ekstraksiyonu ve analizi. Menakinonların izolasyonu ve analizi. Şeker izolasyonu ve analizi. Lipidlerin izolasyonu ve analizi
12 DNA-DNA hibridizasyonu
13 Houskiping genler ve önemi
14 Test sonuçlarının değerlendirilmesi ve filogenetik analizler
15 Final Sınavı

Değerlendirme

# Etkinlikler Adet Yuzde Katkısı Yarıyıl İci Etkinlik Yıl Sonu Etkinlik
90 Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri 0 40
91 Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri 0 60
1 Ara Sınav 1 40 1
28 Makale Kritik Etme 1 30 1
49 Performans 1 30 1
2 Final Sınavı 1 100 1

Ders İş Yükü Verisi

# Etkinlikler Adet Süresi(saat) Toplam İş Yükü(saat)
1 Ara Sınav 1 15 15
2 Final Sınavı 1 25 25
5 Derse Katılım 14 3 42
10 Tartışma 10 5 50
11 Soru-Yanıt 10 5 50
28 Makale Kritik Etme 10 1 10

Dersin Öğrenme Çıktıları

# Öğrenme Çıktı Id Açıklama
1 1170506 Biyolojik tür ve prokaryotik tür kavramını bilir
2 1184937 Bakteri sistematiğinde güncel kriterleri bilir
3 1186315 DNA izolasyonu ve PCR amplifikasyonu çalışmalarını bilir
4 1162309 Sekans verilerini analiz edebilir.
5 1162581 Kemotaksonomik ve nümerik testleri seçebilir ve uygulayabilir.
6 1179305 Verileri elde etmesini ve bu verileri değerlendirmesini bilir

Bölüm Program Çıktıları

# Program Çıktı Id Açıklama
1 66300 Biyoloji alanında güncel ve daha ileri bir bilgi seviyesine sahip olmalı
2 66301 Biyolojik problemlerin çözümünde bilimsel metodları ve güncel teknolojiyi kullanabilmeli
3 66302 Sahip olduğu bilgiyi analiz ederek, karşılaştırarak ve sorgulayarak problemlerin çözümünde kullanabilmeli ve ilgili alanda orijinal bir araştırma hazırlayabilmeli
4 66303 İlgili alandaki lisansüstü programa veya AR&GE birimlerine veya mesleki alandaki bir işe girebilme yetenek ve özellikleriyle donanmış olmalı
5 66308 biyolojik bilimler ve ilgili alanlar ile ilgili bilgi sahibi yapmak, biyolojik teknikleri kullanabilmeleri için öğrencilerin kabiliyetlerini geliştirmek
6 66304 Kontrollü deneyler planlayabilmeli ve ilgili alanda orijinal araştırmalar gerçekleştirebilmeli
7 66305 Biyolojik problemlerin çözümünde bilimsel metodları ve güncel teknolojiyi kullanabilmeli
8 66312 Alanı ile ilgili karşılaşılan sorunları araştırma yöntemlerini kullanarak çözümleyebilme.
9 66311 Alanı ile ilgili verilerin toplanması, yorumlanması, uygulanması ve duyurulması aşamalarında toplumsal, bilimsel, kültürel ve etik değerleri gözeterek denetler ve bu değerleri öğretir.
10 66313 Alanı ile ilgili sorunların çözümlenmesini gerektiren ortamlarda liderlik yapabilme.
11 66306 Sahip olduğu bilgiyi analiz ederek, karşılaştırarak ve sorgulayarak problemlerin çözümünde kullanabilmeli ve ilgili alanda orijinal bir araştırma hazırlayabilmeli
12 66314 Alanındaki güncel gelişmeleri ve kendi çalışmalarını, nicel ve nitel veriler ile destekleyerek alanındaki ve alan dışındaki gruplara, yazılı, sözlü ve görsel olarak sistemli biçimde aktarabilme.
13 66307 Mesleki alanla ilgili her faaliyette ahlaki ve profesyonel davranış gösterebilmeli
14 66315 Sosyal ilişkileri ve bu ilişkileri yönlendiren normları eleştirel bir bakış açısıyla incelemeyebilme, geliştirebilme ve gerektiğinde değiştirmek üzere harekete geçebilme.
15 66309 Sahip olduğu bilgiyi analiz ederek, karşılaştırarak ve sorgulayarak problemlerin çözümünde kullanabilmeli ve ilgili alanda orijinal bir araştırma hazırlayabilmeli
16 66317 Alanında özümsedikleri bilgiyi, problem çözme ve/veya uygulama becerilerini, disiplinlerarası çalışmalarda kullanabilme.
17 66316 Alanı ile ilgili konularda strateji, politika ve uygulama planları geliştirebilme ve elde edilen sonuçları, kalite süreçleri çerçevesinde değerlendirebilme.
18 66310 Mesleki alanla ilgili her faaliyette ahlaki ve profesyonel davranış gösterebilmeli

İletişim Bilgileri

Adres:
Ondokuz Mayıs Üniversitesi Rektörlük Binası Kurupelit Kampüsü, 55139 Atakum / SAMSUN
Telefon:
(362) 312 19 19
Eposta:
iletisim@omu.edu.tr