Ders Notları

100% Complete (success)
Dikkat !!! Lütfen okuyunuz ...

Öğretim Üyesi (Üyeleri): Prof. Dr. Miray SÖKMEN *

(*) Ders notu girebilmek için, bu alanda kendi isminiz yazıyor olmalı...

  • Farklı bir isim yazıyor veya boş geliyor ise; ubs.omu.edu.tr adresinden, Öğrenci Web (Öğretim Üyesi) modülü seçilmeli,
  • Bologna Süreci -> Ders Öğretim Planları seçilmeli,
  • Açılan pencerede, ders verdiğiniz Fakülte, Bölüm, Ders seçilerek, Öğretim Üyesi (Üyeleri) alanına isminizi yazmalısınız...
Yıl: 1, Dönem: 1
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar

1. Practical Plant Virology. Protocols and Exercises. Springer Lab. Manual. J. Dijkstra and C.P. de Jager. 1998. 2. Virology Methods Manual. B. W. J. Mahy and H.O. Kangro. Academic Pres. 1996.

Dersin İçeriği

Dersin kapsamında yer alan konular 3 başlık altında verilmektedir. 1. Virüs teşhisinde kullanılan Klasik Yöntemler: Enfekteli bitkilerden bitki özsuyu ile virüslerin test bitkilerine taşınması (mekaniksel inokulasyon) ve test bitkilerinde oluşan simptomlar. Mekanik olarak taşınmayan virüslerin aşı ile ve fungus, Arthropoda ve Nematoda şubesindeki vektörler ile taşınması. 2. Serolojik Yöntemler: Serolojik çalışmalarda poliklonal ve monoklonal antikorların kullanım yerleri. Agar Gel Double Diffizyon testi, Direkt ve İndirekt ELISA metotları (DAS-ELISA, TAS-ELISA ve PTA-ELISA). Virüs proteinin Western Blot ve Dot Blot yöntemleri ile analiz edilmesi. Seroloji ve elektron mikroskop tekniğinin bir kombinasyon şekli olan SSEM tekniğinin virüs çalışmalarında kullanılması. 3. Nükleik asit yöntemleri: Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) yöntemi ve PCR yönteminin ssRNA içeren virüsler için uygulanması (RT-PCR). Northern Blot Yöntemi ve radyoaktif ve non-radyoaktif probe’ler kulanılarak virüs spesifik RNA’ların analizi, dsRNA ekstraksiyonu. Agorose jel elektroforez yöntemi ile RNA ve DNA fragmentlerinin analizi.

Dersin Amacı

Bitki virüs hastalıklarının teşhis ve tanısında kullanılan biyolojik, serolojik ve moleküler yöntemler hakkında öğrencilere teorik ve pratik bilgiler vermek.

Haftalık Ders İçeriği

Hafta Teorik Uygulama Laboratuar Ders Notları
1 Bitkilere Virüs İnokulasyonu ve Test Bitkilerinin Kullanım Amaçları: Test bitkilerinin yetiştirilmesi, inokulumun hazırlanması, virüs inokulasyon yöntemleri.
2 Bitkilerde Oluşan Makroskobik Simptom Tipleri: a. Lokal Lezyonlar (Nekrotik ve klorotik) b. Sistemik Simptomlar
3 Virüs İnokulasyonunu Etkileyen Faktörler: Çevre şartları, inhibitör ve inaktivatörler,
4 Virüs izolasyon yöntemleri ve saflaştırma,
5 Viral izolatların saklanmasının önemi ve izolatları saklama yöntemleri
6 Serolojik Yöntemler I: Antiserum üretimi
7 Serolojik Yöntemler II: DAS-ELISA, TAS-ELISA ve PTA-ELISA Yöntemlerinin Uygulanışı
8 Ara sınav
9 Bitkilerden RNA ve DNA izolasyon Yöntemleri
10 Viral RNA'dan komplemeter DNA (cDNA) sentezi
11 Polimeraz Zincir Reaksiyonu hakkında bilgi ve uygulanışı
12 Diğer Moleküler Yöntemler I: Dot Blot Hibridizasyon Yöntemi.
13 Diğer Moleküler Yöntemler II: Northern Blot ve Southern Blot Yöntemi
14 Diğer Moleküler Yöntemler III: Western Blot Yöntemi

Değerlendirme

# Etkinlikler Adet Yuzde Katkısı Yarıyıl İci Etkinlik Yıl Sonu Etkinlik
90 Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri 0 40
91 Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri 0 60
1 Ara Sınav 1 40 1
6 Uygulama/Pratik 6 40 1
54 Ev Ödevi 1 20 1
2 Final Sınavı 1 100 1

Ders İş Yükü Verisi

# Etkinlikler Adet Süresi(saat) Toplam İş Yükü(saat)
1 Ara Sınav 1 1 1
2 Final Sınavı 1 2 2
6 Uygulama/Pratik 9 1 9
11 Soru-Yanıt 8 1 8
28 Makale Kritik Etme 4 2 8
32 Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma 1 30 30
33 Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma 1 40 40
54 Ev Ödevi 2 25 50

Dersin Öğrenme Çıktıları

# Öğrenme Çıktı Id Açıklama
1 1427672 Bitki virüslerinin taşınma ve bulaşma yollarını bilir,
2 1405843 Mekanik olarak virüs inokulasyonunu uygular ve bitkideki oluşan reaksiyonları değerlendirebilir,
3 1406918 Antijen, antikor, immunojen, antijenik özellik kavramlarını bilir,
4 1417801 Temel serolojik tekniklerden ELISA testini ve çeşitlerini bilir ve uygulanışını gerçekleştirebilir,
5 1429715 Viral RNA’lardan komplamenter DNA sentezini, polimeraz zincir reksiyonu yöntemi ile DNA çoğaltımını bilir ve uygular,
6 1438744 Northen Blot, Southern Blot, RFLP-PCR, RAPD-PCR yöntemleri hakkında bilgiye sahiptir.
7 1406581 Jel Elektroforez tekniklerini bilir ve uygular.

Bölüm Program Çıktıları

# Program Çıktı Id Açıklama
1 74436 Bitki patojenlerinin (fungus, virüs, bakteri vs.) özellikleri konusunda detaylı temel ve güncel bilgilere sahip olur ve oluşturdukları hastalıkları tanır.
2 74437 Tarım alanlarında sorun oluşturan yabancı otların morfolojik, biyolojik özellikleri ve zararları konusunda bilgiye sahip olur, yabancı otlar ile alternatif mücadele yöntemleri konusunda deneysel ve kuramsal özgün fikirler geliştirir.
3 74438 Tarım ve insanların yaşama alanlarında problem olan böcek, nematod, akar ve diğer zararlıları tanır, zarar şekillerini diğer biyotik ve abiyotik etkenlerin oluşturduğu zararlardan ayırır.
4 74439 Fungal ve bakteriyel hastalıklar, nematodlar, böcekler, akarlar ile kimyasal, biyolojik ve diğer alternatif mücadele yöntemleri konusunda bilgi sahibi olur.
5 74440 Bitki patojenlerinin, yabancı otların, böcek, nematod ve akar gibi zararlıların teşhis ve tanılanmasına yönelik geleneksel ve güncel laboratuvar yöntemlerini kendi alanında kullanır.
6 74441 Yabancı otların konvansiyonel ve moleküler düzeyde teşhisi, biyolojileri konusunda araştırma faaliyetleri yürütür.
7 74442 Böcek, nematod ve akarların laboratuvar şartlarında kitlesel üretimi için kullanılan yöntemleri uygular.
8 74443 Laboratuvar alet ve ekipmanlarını kullanır.
9 74444 Probleme yönelik hipotez geliştirir, bilimsel bir yaklaşım içerisinde laboratuvar, sera ve arazi şartlarında denemeler kurar.
10 74445 Deneme bulgularını yorumlar ve benzer çalışmaların sonuçları ile karşılaştırır.
11 74446 Bitki patojenlerini izole eder ve gerek in vitro gerekse in vivo şartlarda kültüre alır, biyolojik, moleküler, mikroskobik ve biyokimyasal yöntemler ile teşhis eder.
12 74447 Böcek, nematod, akar gibi bitki zararlılarını makroskobik ve mikroskobik teşhis kriterlerini kullanarak teşhis eder, laboratuvar ve arazi çalışmaları ile biyolojilerini izler.
13 74448 Bitki sağlığı ile ilgili olarak en uygun koruyucu ve tedavi edici yöntemleri seçer ve uygular.
14 74449 Bilimsel bir konudaki açıklamaları takip eder, plan yapar ve deneysel çalışmalar için sorumluluk alır.
15 74450 Bitkilerdeki biyotik ve abiyotik problemleri tanır, yorumlar ve çözer.
16 74451 Uzman olduğu alanda edindiği bilgileri kullanarak araştırma verilerini toplar ve analiz eder.
17 74452 Araştırma sonuçlarını lisansüstü tez olarak yazar ve bilimsel makale haline getir.
18 74453 Bireysel ve disiplinler arası çalışmaları planlama ve yürütme becerisi kazanır.
19 74454 Temel bilgisayar kullanımı ve yazılımlarını, bilişim ve iletişim teknolojilerini kendi alanında bilgiye erişme ve kaynak araştırması yapabilmek için verimli bir şekilde kullanır.
20 74455 Güncel mesleki konuları takip etmenin kariyerindeki önemini ve yaşamı boyunca “hayat boyu öğrenme” prensibini benimser.
21 74456 Uzman olduğu alandaki bilgisini ve fikirlerini, araştırma sonuçlarını sözlü ve yazılı değişik sunum teknikleri ile ifade eder, bilgi birikimini akademik ve tarımsal alanda çalışan kişilere ve öğrencilere aktarır.
22 74457 En az bir yabancı dil bilgisi ile kendi alanındaki bilgileri izleyebilir, bilimsel toplantıları takip edebilir ve birçok alandaki kişilerle iletişim kurar.
23 74458 Alanı ile ilgili konulardaki bilgilerin toplanması, analiz edilmesi, uygulanması ve duyurulması aşamasında bilimsel etik kurallarına göre hareket eder.
24 74459 Laboratuvar çalışmaları ve arazi uygulamalarında kullanılan malzeme ve ekipmanların kullanımından doğan olumsuzlukların azaltılması konusunda duyarlı olur.
25 74460 Doğal kaynakların korunması konusunda hassas, tarımsal uygulamaların çevresel ve küresel etkilerinin bilincindedir.
26 74461 Bitki patojenlerinin (fungus, virüs, bakteri vs.) özellikleri konusunda detaylı temel ve güncel bilgilere sahip olur ve oluşturdukları hastalıkları tanır.
27 74462 Tarım alanlarında sorun oluşturan yabancı otların morfolojik, biyolojik özellikleri ve zararları konusunda bilgiye sahip olur, yabancı otlar ile alternatif mücadele yöntemleri konusunda deneysel ve kuramsal özgün fikirler geliştirir.
28 74463 Tarım ve insanların yaşama alanlarında problem olan böcek, nematod, akar ve diğer zararlıları tanır, zarar şekillerini diğer biyotik ve abiyotik etkenlerin oluşturduğu zararlardan ayırır.
29 74464 Fungal ve bakteriyel hastalıklar, nematodlar, böcekler, akarlar ile kimyasal, biyolojik ve diğer alternatif mücadele yöntemleri konusunda bilgi sahibi olur.

Ögrenme Çıktı Matrisi

Program Çıktısı
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29
Öğrenme Çıktısı
1 5 3 5 5 4 4 5 3 4 4 3 3 3 3 5 4 4 4 4 3 5 3 5
2 5 3 5 5 4 4 5 3 4 4 3 3 3 3 5 4 4 4 4 3 5 3 5
3 5 3 5 5 4 4 5 3 4 4 3 3 3 3 5 4 4 4 4 3 5 3 5
4 5 3 5 5 4 4 5 3 4 4 3 3 3 3 5 4 4 4