Ders Notları

100% Complete (success)
Dikkat !!! Lütfen okuyunuz ...

Öğretim Üyesi (Üyeleri): Doç. Dr. Musa KAVAS *

(*) Ders notu girebilmek için, bu alanda kendi isminiz yazıyor olmalı...

  • Farklı bir isim yazıyor veya boş geliyor ise; ubs.omu.edu.tr adresinden, Öğrenci Web (Öğretim Üyesi) modülü seçilmeli,
  • Bologna Süreci -> Ders Öğretim Planları seçilmeli,
  • Açılan pencerede, ders verdiğiniz Fakülte, Bölüm, Ders seçilerek, Öğretim Üyesi (Üyeleri) alanına isminizi yazmalısınız...
Yıl: 1, Dönem: 2
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar

Biyoinformatik Temelleri ve Uygulamaları. Kastamonu Üniversitesi Basımevi, Basım sayısı: 1, Sayfa Sayısı 322, ISBN:978-605-4697-19-9,

Dersin İçeriği

Biyoinformatiğe giriş, Biyolojik bilgi çeşitleri, hizalama programları, bioinformatikte kullanılan dosya formatları, blast çeşitleri, gen ifadesinin analiz yöntemleri, yeni nesil dizileme sistemleri

Dersin Amacı

Bu ders kapsamında, biyolojik veritabanlarının ve bazı biyoinformatik araç ve yaklaşımların DNA-RNA ve protein arasındaki bilgi akışının daha iyi anlaşılabilmesi amacıyla araştırılması ve tartışılması amaçlanmaktadır. Ek olarak, dizilerin karşılaştırılması, filogenetik ağaç kurulumu, türler arasındaki uzaklığın hesaplanması, mikroarray verilerinin değerlendirilmesi, genomik ve proteomik yaklaşımlar bu dersin kapsamındadır.

Haftalık Ders İçeriği

Hafta Teorik Uygulama Laboratuar Ders Notları
1 Biyoinformatiğe giriş
2 Santral dogma ve biyoinformatik analizlerde kullanılan biyolojik bilgi çeşitleri
3 BLAST ve çeşitleri
4 Uygulamalı BLAST analizleri
5 Çoklu DNA/protein dizisinin karşılaştırılması: alignment
6 Veri tabanları
7 Ara sınav Ara sınav
8 Galaxy ve Cyverse gibi bulut sistemlerinin biyoinformatik analizlerde kullanımı
9 Galaxy üzerinde SRA ve FastaQ dosyalarını tanıma ve işleyebilme
10 Galaxy server üzerinde genom analizleri
11 De novo ve referans tabanlı RNA seq analizleri
12 De novo ve referans tabanlı RNA seq analizleri
13 Moleküler filogeni
14 Protein domain taraması
15 Final

Değerlendirme

# Etkinlikler Adet Yuzde Katkısı Yarıyıl İci Etkinlik Yıl Sonu Etkinlik
90 Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri 1 60
91 Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri 1 40
1 Ara Sınav 1 40 1
4 Quiz 1 20 1
46 Laboratuvar Ara Sınavı 1 30 1
2 Final Sınavı 1 100 1

Ders İş Yükü Verisi

# Etkinlikler Adet Süresi(saat) Toplam İş Yükü(saat)
4 Quiz 2 1 2
32 Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma 1 35 35
33 Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma 1 40 40
46 Laboratuvar Ara Sınavı 1 3 3
52 Quiz için Bireysel Çalışma 2 10 20

Dersin Öğrenme Çıktıları

# Öğrenme Çıktı Id Açıklama
1 1544649 Biyolojik veritabanlarının temellerinin anlama ve moleküler biyoloji ve genetik kapsamında kullanılabilme
2 1544650 İki veya daha fazla dizi için karşılaştırma araçlarının tanımlanabilmesi ve benzerlik/uyumsuzluk durumunun tartışılabilmesi
3 1544651 Verilen diziler için filogenetik ağaç oluşturabilme ve türler arasındaki uzaklığı tartışabilme
4 1544652 Protein-RNA ve DNA arasındaki bilgi akışını anlayabilme ve büyük ölçekli biyolojik verilerin çeşitli biyoinformatik temelli araçlar kullanarak analiz edebilme

Bölüm Program Çıktıları

# Program Çıktı Id Açıklama
1 74659 Tarımsal biyoteknoloji konusunda çeşitli teknikleri öğrenme ve kaynakları değerlendirme özelliğine sahiptir.
2 74663 Modern tarımsal üretim için gerekli olan kuramsal bilgilere sahiptir.
3 74660 Tarımsal Biyoteknoloji konusunda uygulama yapabilir, çeşitli alet ve ekipmanları kullanabilir.
4 74664 Tarımsal biyoteknoloji alanında gerekli projeleri yapabilir ve temel düzeyde bir çalışmayı bağımsız olarak yürütebilir.
5 76217 Alanında edindiği kuramsal ve uygulamalı bilgilerle sorunları belirleyebilir, çözüm üretebilir ve uygulayabilir.
6 74661 Bilgi ve becerilerine göre proje hazırlayabilir ve bağımsız çalışma özelliği kazanabilir
7 74658 Ürettiği ürünleri insanlığın yararına kullanabilir, teknoloji üretebilir ve sanayi ile irtibat yapabilir
8 74662 Çalışma sonuçlarını değerlendirerek yeni fikirler ortaya koyabilir
9 74656 Toplumsal konularda fikir ortaya koyabilme ve fikirlerinden istifade edebilir ve bağımsız ve takım çalışması yeteneğini kazanır
10 76216 İçinde bulunduğu sosyal çevre ile iletişim kurabilir, faydalı projeler üretebilir ve uygulayabilir
11 74657 Çalışma alanıyla ilgili bilgilerini artırabilir, yeni fikirler ortaya koyabilir ve uzmanlaşabilir

İletişim Bilgileri

Adres:
Ondokuz Mayıs Üniversitesi Rektörlük Binası Kurupelit Kampüsü, 55139 Atakum / SAMSUN
Telefon:
(362) 312 19 19
Eposta:
iletisim@omu.edu.tr