Ders Notları

100% Complete (success)
Dikkat !!! Lütfen okuyunuz ...

Öğretim Üyesi (Üyeleri): Prof. Dr. Münir TUNÇER *

(*) Ders notu girebilmek için, bu alanda kendi isminiz yazıyor olmalı...

  • Farklı bir isim yazıyor veya boş geliyor ise; ubs.omu.edu.tr adresinden, Öğrenci Web (Öğretim Üyesi) modülü seçilmeli,
  • Bologna Süreci -> Ders Öğretim Planları seçilmeli,
  • Açılan pencerede, ders verdiğiniz Fakülte, Bölüm, Ders seçilerek, Öğretim Üyesi (Üyeleri) alanına isminizi yazmalısınız...
Yıl: 1, Dönem: 2
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar

Ders notları; Proteomik konusundaki makaleler ve kitaplar Ann Finney Batiza: Bioinformatics, Genomics, And Proteomics: Getting the Big Picture (Biotechnology in the 21st Century). Daniel C. Liebler: Introduction to Proteomics: Tools for the New Biology Guido Grandi: Genomics, Proteomics and Vaccines, Nawin C. Mishra: Introduction to Proteomics: Principles and Applications Thompson, Julie D.; Schaeffer-Reiss, Christine; Ueffing, Marius: Functional Proteomics Methods and Protocols. Methods in Molecular Biology Vol. 484:

Dersin İçeriği

Proteomiksin genomiksle olan ilişkisi, kütle spektrometresi (MS) ve translasyon-sonrası modifikasyonların tanımlanması. 2-D jel elektroforezi ve MS ile protein ifadesinin haritalanması. Açık okuma çerçevelerinin klonlanması; Protein-protein etkileşimlerinde iki-hibrit sistemlerinin, MS’in ve bilgisayar modellemelerinin kullanılması. Protein ifadesinin haritalanmasında antikor arraylerinin kullanımı, fonksiyonel analizler ve yüzey plasmon rezonans (SPR) biyosensör analizi.

Dersin Amacı

Biyolojik çalışmaların önemli bir konusunu oluşturan proteinlerin büyük-ölçekli tanımlanmasını sağlayan 2-D jel elektroforezi ve MS tekniklerinin temel prensiplerini kavramak.

Haftalık Ders İçeriği

Hafta Teorik Uygulama Laboratuar Ders Notları
1 Proteomik çalışmalarının gerekliliği
2 Proteomiksin genomiksle olan ilişkisi,
3 Proteinlerin yaşam döngüsü
4 Kütle spektrometresi (MS)
5 Translasyon-sonrası modifikasyonların tanımlanması.
6 2-D jel elektroforezi ile protein ifadesinin haritalanması
7 MS ile protein ifadesinin haritalanması
8 Ara Sınav
9 Açık okuma çerçevelerinin klonlanması
10 Protein-protein etkileşimlerinde iki-hibrit sistemlerinin kullanılması.
11 Protein-protein etkileşimlerinde MS’in ve bilgisayar modellemelerinin kullanılması.
12 Protein ifadesinin haritalanmasında antikor arraylerinin kullanımı,
13 Fonksiyonel analizler
14 Yüzey plasmon rezonans (SPR) biyosensör analizi.
15 Proteomik uygulamaları
16 Final Sınavı

Değerlendirme

# Etkinlikler Adet Yuzde Katkısı Yarıyıl İci Etkinlik Yıl Sonu Etkinlik
90 Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri 1 40
91 Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri 1 60
1 Ara Sınav 1 50 1
4 Quiz 5 30 1
5 Derse Katılım 14 20 1
2 Final Sınavı 1 50 1
42 Seminer 1 50 1

Ders İş Yükü Verisi

# Etkinlikler Adet Süresi(saat) Toplam İş Yükü(saat)
1 Ara Sınav 1 1 1
2 Final Sınavı 1 1 1
4 Quiz 5 1 5
5 Derse Katılım 14 3 42
24 Seminer 1 30 30
28 Makale Kritik Etme 5 1 5
29 Bireysel Çalışma 14 1 14
32 Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma 1 25 25
33 Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma 1 30 30
34 Okuma 14 1 14
52 Quiz için Bireysel Çalışma 5 1 5
54 Ev Ödevi 2 10 20

Dersin Öğrenme Çıktıları

# Öğrenme Çıktı Id Açıklama
1 1537931 Büyük-ölçekli protein analizinin gerekliliğini kavrama
2 1537932 Proteom içeriğinin genom içeriğinden farklılığını kavrama ve ifade edebilme
3 1537933 Proteomun dinamik ve karmaşıklığını kavrama
4 1537934 Proteoma dayalı olarak canlıların fonksiyonlarını tanımlayabilme
5 1537935 Proteom analizlerinde kullanılan 2-D jel elektroforezi ve MS Tekniklerinin temel prensiplerin kavrama
6 1537936 Protein interaksiyonlarının ve ağlarının önemini kavrama
7 1537937 Proteom analizlerinde biyoinformatiğin önemini kavrama
8 1537938 Proteom analizlerinin günlük yaşama uygulanmasının önemini kavrama

Bölüm Program Çıktıları

# Program Çıktı Id Açıklama
1 78041 Alanının gelişmesinde yer alan önemli kişileri, olay ve olguları, alanının uygulamalarına etkileri açısından değerlendirebilir
2 78042 Alanı ile ilgili verilerin toplanması, yorumlanması, uygulanması ve duyurulması aşamalarında toplumsal, bilimsel, kültürel ve etik değerleri gözeterek denetler ve bu değerleri öğretebilir
3 78043 Moleküler biyoloji ve genetik ile ilgili bilimsel süreçlerin temel işleyişlerini ve teorik temellerini açıklar
4 78044 Dünya çapındaki moleküler biyoloji ve moleküler genetik literatürünü okur ve eleştirel bir bakışla literatürde bulunan eksikleri ve problemleri tespit eder
5 78050 Eğitim, endüstri, tarım, sağlık, çevre, enerji ve biyoteknoloji alanlarında disiplinler arası çalışmalara katılır ve diğer disiplinlerin problemleri içindeki moleküler biyoloji ve genetik ögelerini tanır ve açıklar
6 78045 Moleküler biyoloji ve moleküler genetik ile ilgili problemlerin çözümüne yönelik hipotez kurar, uygun istatistiksel yöntemleri seçer ve en güncel deneysel yaklaşımlarla çözer
7 78046 Güncel teorik ve teknolojik gelişmeleri takip eder, yaşam boyu eğitimi kendisine amaç edinir
8 78047 Uzmanlaştığı alanda en az bir yabancı dilde sözlü ve yazılı iletişim kurabilir
9 78048 Alanı ile ilgili konularda strateji, politika ve uygulama planları geliştirir ve elde edilen sonuçları, kalite süreçleri çerçevesinde değerlendirir
10 78049 Moleküler biyoloji ve genetik alanındaki uygulamalarda, toplumsal ve evrensel değerlere duyarlı, ülkenin öncelikli alanlarını gözeten, araştıran ve bu konularda üretim yapan, katkı sağlayan, etik ve sorumluluk sahibidir

Ögrenme Çıktı Matrisi

Program Çıktısı
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
Öğrenme Çıktısı
1 3 2 4 3 5 3 3 4 3 2
2 3 1 2 4 4 3 2 3 2 3
3 3 3 3 2 4 3 4 4 2 3
4 1 1 3 3 4 4 3 4 3 2
5 1 2 4 3 5 2 3 5 3 4
6 1 1 2 3 2 3 4 5 4 2
7 1 2 4 2 4 3 2 4 3 2
8 1 1 4 1 4 2 3 2 2 3
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek

İletişim Bilgileri

Adres:
Ondokuz Mayıs Üniversitesi Rektörlük Binası Kurupelit Kampüsü, 55139 Atakum / SAMSUN
Telefon:
(362) 312 19 19
Eposta:
iletisim@omu.edu.tr