Ders Notları

100% Complete (success)
Dikkat !!! Lütfen okuyunuz ...

Öğretim Üyesi (Üyeleri): Prof. Dr. Kamil IŞIK *

(*) Ders notu girebilmek için, bu alanda kendi isminiz yazıyor olmalı...

  • Farklı bir isim yazıyor veya boş geliyor ise; ubs.omu.edu.tr adresinden, Öğrenci Web (Öğretim Üyesi) modülü seçilmeli,
  • Bologna Süreci -> Ders Öğretim Planları seçilmeli,
  • Açılan pencerede, ders verdiğiniz Fakülte, Bölüm, Ders seçilerek, Öğretim Üyesi (Üyeleri) alanına isminizi yazmalısınız...
Yıl: 1, Dönem: 2
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar

Nucleic Acid Techniques in Bacterial Systematics, Edts: Stackebrandt E and Goodfellow M. John Wiley&Sons Ltd. 1991. Applied Microbial Systematics, Priest F G. and Goodfellow, Kluwer Academic Publishers, 2000. Handbook of New Bacterial Systematics. Edt: M. Goodfellow and A.G. O'Donnell, Academic Press, London, 1993.

Dersin İçeriği

Bakteri genomunun izolasyonu. Jel-elektroforez yöntemi ile görüntülenmesi, saflaştırılması. 16S r RNA gen bölgesi PCR amplifikasyonu. 16S rRNA gen bölgesi sekans analizi ve taksonomik marker olarak kullanımı. Houskeeping genlerin PCR amplifikasyonu, sekans analizleri. NRPS ve PKS antibiyotik genleri gibi biyoteknolojik önemi olan gen kümelerinin PCR amplifikasyonu, sekans analizleri. DNA parmak izlerinin bakteri sistematiğinde kullanımı. Proteinlerin ve enzimlerin bakteri sınıflamasında kullanımı, serolojik identifikasyon.

Dersin Amacı

Bakteri genomunda, 16S rRNA ve houskiping genler gibi bakteri sistematiğinde kullanılan genlerin PCR amplifikasyonlarını yapmak, sekans sonuçlarını analiz ederek filogenetik dendogramlarını oluşturmak ve yeni bir izolatın taksonomik hiyerarşisini belirlemeyi öğrenmek amaçlanmıştır

Haftalık Ders İçeriği

Hafta Teorik Uygulama Laboratuar Ders Notları
1 İzolatlara ait biomasların elde edilmesi
2 Bakteri genomunun izolasyonu
3 Genomun Jel-elektroforez yöntemi ile görüntülenmesi ve saflaştırılması.
4 PCR amplifikasyonları için optimizasyon çalışmaları
5 Bakteri sistematiğinde evrensel markör, 16S rRNA
6 16S r RNA gen bölgesi PCR amplifikasyonu.
7 16S rRNA gen bölgesi sekans analizi ve taksonomik marker olarak kullanımı.
8 Houskeeping genler ve bu genlerin PCR amplifikasyonu, Bakteri sistematiğindeki yeri
9 Biyoteknolojik önemi olan gen kümeleri -NRPS ve PKS-I-II-III antibiyotik gen kümeleri
10 Ara Sınav
11 Homoloji çalışmaları ve moleküler sistematik -DNA-DNA, DNA-RNA, RNA-RNA
12 DNA parmak izlerinin bakteri sistematiğinde kullanımı
13 Proteinlerin ve enzimlerin taksonomik markör olarak önemi
14 Serolojik identifikasyon
15 Final Sınavı

Değerlendirme

# Etkinlikler Adet Yuzde Katkısı Yarıyıl İci Etkinlik Yıl Sonu Etkinlik
90 Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri 0 40
91 Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri 0 60
1 Ara Sınav 1 100 1
2 Final Sınavı 1 100 1

Ders İş Yükü Verisi

# Etkinlikler Adet Süresi(saat) Toplam İş Yükü(saat)
1 Ara Sınav 1 15 15
2 Final Sınavı 1 20 20
5 Derse Katılım 14 3 42
10 Tartışma 10 5 50
11 Soru-Yanıt 10 5 50
28 Makale Kritik Etme 10 1 10

Dersin Öğrenme Çıktıları

# Öğrenme Çıktı Id Açıklama
1 1539032 DNA izolasyonunu gerçekleştirir
2 1539029 Gen bölgelerinin PCR amplifikasyonunu yapar
3 1539030 Nükleotid dizi analizlerini değerlendirir
4 1539031 Filogenetik analizleri yapar
5 1539033 Yeni bir izolatı tür ve cins seviyesinde tanımlar

Bölüm Program Çıktıları

# Program Çıktı Id Açıklama
1 74029 Biyoloji alanında güncel ve daha ileri bir bilgi seviyesine sahip olmalı
2 74030 Alanıyla ilgili disiplinler arasındaki etkileşimi anlamak için , uzman bilgilerini kullanarak yeni ve karmaşık fikirleri analiz , sentez ve değerlendirerek belirli sonuçlara ulaşmak .
3 74031 Uzmanlık düzeyinde ileri lisansüstü güncel bilgiler temelinde ve yenilikçi tanımları ve alan erişimi derinleştirir
4 74016 Alanında yeni bilgileri kullanmak ve sistematik bir yaklaşım geliştirmek
5 74017 Yeni bir fikir, metod ortaya çıkarmak, mevcut fikirleri kullanım lanlarına göre geliştirmek, yenilikçi bir alan oluşturmak, orjnal çalışmaların geliştirilmesini sağlar
6 74018 Yeni ve kompleks fikirler, kritik analizler ve yetenekler geliştirir
7 74019 Yeni bir fikir, metod ortaya çıkarmak, mevcut fikirleri kullanım lanlarına göre geliştirmek, yenilikçi bir alan oluşturmak, orjnal çalışmaların geliştirilmesini sağlamak
8 74028 Özel ve disiplinler arası sorunların çözümünde liderlik yapabilme.
9 74020 Ulusal Hakemli ve / veya uluslararası dergilerde ve / veya orijinal çalışmaları alanında en az bir bilimsel makale üretmek veya sözlü sunumlarla bilginin sınırlarını genişletmek.
10 74021 Biyolojik problemleri çözmek için mevcut teknolojiyi ve bilimsel metodları kullanır
11 74022 İlgili alanında orijinal araştırma planı ve kontrollü deneyler uygular
12 74023 Toplumsal ilişkileri yönetmek için gerekli önlemleri incelemek , geliştirmek .
13 74024 Alanında uzman ve orijinal fikirlerin alanındaki yetkinliğini gösteren, iletişim ile fikir alışverişinde etkili bir savunma oluşturur.
14 74025 Alanı ile ilgili konularda karşılaşılan toplumsal, bilimsel, kültürel ve etik sorunların çözümüne katkıda bulunabilme ve bu değerlerin gelişimini destekleyebilme.
15 74026 Alanı ile ilgili karşılaşılan sorunların çözümünde stratejik karar verme süreçlerini kullanarak işlevsel etkileşim kurabilme.
16 74027 Alanındaki bilimsel, teknolojik, sosyal veya kültürel ilerlemeleri tanıtarak, yaşadığı toplumun bilgi toplumu olma ve bunu sürdürebilme sürecine katkıda bulunabilme.

Ögrenme Çıktı Matrisi

Program Çıktısı
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16
Öğrenme Çıktısı
1 4 5 4 4 4 4 4 5 5 4 5 4 5 4 5 4
2 4 4 4 3 4 4 4 5 4 4 4 5 5 5 4 4
3 4 4 4 3 4 5 4 5 4 5 5 4 4 5 4 5
4 4 4 5 4 4 5 5 4 5 4 5 5 5 4 5 4
5 5 5 5 4 5 4 4 4 5 4 4 5 5 5 4 5
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek

İletişim Bilgileri

Adres:
Ondokuz Mayıs Üniversitesi Rektörlük Binası Kurupelit Kampüsü, 55139 Atakum / SAMSUN
Telefon:
(362) 312 19 19
Eposta:
iletisim@omu.edu.tr