Ders Notları

100% Complete (success)
Dikkat !!! Lütfen okuyunuz ...

Öğretim Üyesi (Üyeleri): Doç. Dr. Gökhan AYDINLI *

(*) Ders notu girebilmek için, bu alanda kendi isminiz yazıyor olmalı...

  • Farklı bir isim yazıyor veya boş geliyor ise; ubs.omu.edu.tr adresinden, Öğrenci Web (Öğretim Üyesi) modülü seçilmeli,
  • Bologna Süreci -> Ders Öğretim Planları seçilmeli,
  • Açılan pencerede, ders verdiğiniz Fakülte, Bölüm, Ders seçilerek, Öğretim Üyesi (Üyeleri) alanına isminizi yazmalısınız...
Yıl: 1, Dönem: 2
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar

1. Advances In Molecular Plant Nematology 1994 :F. Lamberti, (Editor), C. De Giorgi (Editor), David Mck Bird 2. Cell Biology of Plant Nematode Parasitism Howard Berg, Christopher G. Taylor (Editors) Springer, 2009 3. Plant Resistance to Parasitic Nematodes (Eds: J.L. Star, R. Cook & Bridge; CABI Publishing, 2002) 4.Nematology Advances and Perspectives Volume II (Eds: Z.X. Chen, S.Y. Chen & D.W. Dickson; CABI Publishing, 2004) 5. Bıotechnology And Plant Dısease Management , Z.K. Punja, S.H. De Boer, H. Sanfaço, Cabi Pub. 2008.

Dersin İçeriği

Bitki paraziti nematod türlerini tanılamada kullanılan moleküler teknikler, tipleri, her birinin avantaj ve dezavantajları, gerekli malzeme ve aletlerin tanıtılması, dayanıklılık çalışmalarında kullanılan moleküler teknikler, bitki paraziti nematodlarda hücre yapısı, DNA ve gen yapısı, nematodlar ile ilgili çalışmalarda kullanılan basit moleküler, biyokimyasal ve serolojik teknikler (restriction enzymes, RFLP, cloning, hybridisation, RNA ve protein analizleri), DNA-sequence analizleri ve PCR, DNA polymorfizminin değişik metotlar ile tanılanması, nematodun beslendiği bitki hücresinde meydana gelen histopatholojik, fizyolojik ve hücresel değişiklikler

Dersin Amacı

Moleküler teknikler bitki paraziti nematodlar ile ilgili çalışmalarda son yıllarda hızla artan bir ivme ile kullanılmaktadır. Bu tekniklerin nematolojide kullanım amacı genellikle bitki paraziti nematodların doğru teşhisi ve dayanıklılık ile ilgili çalışmalarda hem bitki hem nematod üzerinden farklılığın ortaya konulmasıdır. Derste farklı materyallar üzerinden bu moleküler teknikler üzerinde durulacak ve laboratuar uygulamaları ile kavratılmaya çalışılacaktır. Böylece dersi alan öğrenciler, nematoloji bilimi içinde kullanılan temel moleküler teknikleri ve kullanım amaçlarını öğreneceklerdir.

Haftalık Ders İçeriği

Hafta Teorik Uygulama Laboratuar Ders Notları
1 Ders hakkında genel bilgilendirme Cihazların tanıtımı http://faculty.buffalostate.edu/wadswogj/courses/bio211%20page/resources/micropipetting%20lab.pdf
Ekipmanlar.pdf
2 Nükleik asitler Molecular çalışmalarda kullanılan sarf malzemelerin tanıtımı Nükleik asitler.pdf
https://www.jove.com/science-education/10684/what-are-nucleic-acids
https://www.khanacademy.org.tr/fen-bilimleri/biyoloji/makromolekuler/nukleik-asitler/dna/5951
3 DNA izolasyonu Nematodlardan DNA izolasyonu DNA İzolasyonu.pdf
4 DNA izolasyonu Bitkiden DNA izolasyonu https://www.jove.com/science-education/10628/dna-isolation-and-restriction-enzyme-analysis,
5 Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) bileşenleri https://nematode.unl.edu/nemaid.pdf
https://www.jove.com/science-education/10819/pcr
https://www.khanacademy.org.tr/fen-bilimleri/biyoloji/biyoteknoloji/dna-analizi-yontemleri/polimeraz-zincir-reaksiyonu---pcr-/6077
6 Polimeraz zincir reaksiyonu PCR optimizasyonu https://nematode.unl.edu/nemaid.pdf
https://www.jove.com/video/3998/polymerase-chain-reaction-basic-protocol-plus-troubleshooting
https://gmo-crl.jrc.ec.europa.eu/capacitybuilding/manuals/Manual%20TR/bolum6.pdf
7 Restriksiyon enzimleri ile kesim (RFLP) Restriksiyon enzimleri ile kesim (PCR- RFLP) https://www.jove.com/science-education/10576/dna-isolation-and-restriction-enzyme-analysis
https://www.khanacademy.org.tr/fen-bilimleri/biyoloji/biyomolekuller/dna-teknolojisi/restriksiyon-enzimleri/6342
https://nematode.unl.edu/nemaid.pdf
https://www.intechopen.com/books/nematology-concepts-diagnosis-and-control/molecular-diagnostic-tools-for-nematodes
8 Jel elektroforez teknikleri Agaroz jel elektroforez https://www.khanacademy.org.tr/fen-bilimleri/biyoloji/biyomolekuller/dna-teknolojisi/jel-elektroforezi/6347
https://www.jove.com/video/3923/agarose-gel-electrophoresis-for-the-separation-of-dna-fragments
https://www.jove.com/pdf/3923/jove-protocol-3923-agarose-gel-electrophoresis-for-the-separation-of-dna-fragments
https://nematode.unl.edu/nemaid.pdf
9 Ara Sınav
10 DNA dizi analizi Nematodların ribozomal DNA (rDNA) and mitokondrial DNA (mtDNA) sekansı https://www.khanacademy.org.tr/fen-bilimleri/biyoloji/biyomolekuller/dna-teknolojisi/dna-dizileme/6349
https://www.intechopen.com/books/nematology-concepts-diagnosis-and-control/molecular-diagnostic-tools-for-nematodes
11 PCR klonlama https://www.jove.com/science-education/5074/molecular-cloning
https://www.jove.com/science-education/5069/dna-ligation-reactions
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4350901/pdf/13036_2014_Article_161.pdf
https://www.youtube.com/watch?v=E7eqc4r2iwI
12 DNA dizi analizi DNA sekanslarının düzenlenemesi https://www.intechopen.com/books/nematology-concepts-diagnosis-and-control/molecular-diagnostic-tools-for-nematodes
13 Poliakrilamid jel elektroforez (PAGE) Kök-ur nematodunun dişisinden protein ektraksiyonu https://www.intechopen.com/books/nematology-concepts-diagnosis-and-control/methods-and-tools-currently-used-for-the-identification-of-plant-parasitic-nematodes
14 İzoelektrik odaklama (IEF) Poliakrilamid jel elektroforez (PAGE) ile kök-ur nematodunun teşhisi https://www.intechopen.com/books/nematology-concepts-diagnosis-and-control/methods-and-tools-currently-used-for-the-identification-of-plant-parasitic-nematodes

Değerlendirme

# Etkinlikler Adet Yuzde Katkısı Yarıyıl İci Etkinlik Yıl Sonu Etkinlik
90 Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri 1 40
91 Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri 1 60
1 Ara Sınav 1 50 1
46 Laboratuvar Ara Sınavı 1 50 1
2 Final Sınavı 1 100 1

Ders İş Yükü Verisi

# Etkinlikler Adet Süresi(saat) Toplam İş Yükü(saat)
1 Ara Sınav 1 1 1
2 Final Sınavı 1 1 1
5 Derse Katılım 14 3 42
6 Uygulama/Pratik 1 11 11
29 Bireysel Çalışma 15 5 75
31 Ödev Problemleri için Bireysel Çalışma 2 10 20

Dersin Öğrenme Çıktıları

# Öğrenme Çıktı Id Açıklama
1 1523894 Nematoloji çalışmalarında kullanılan moleküler teknikler hakkında bilgi sahibi olur.
2 1523895 Moleküler çalışmalarda kullanılan malzeme ve cihazlar hakkında bilgi sahibi olur.
3 1523896 Çalışmanın amacına uygun moleküler tekniğe karar verebilir
4 1523897 Nematodların teşhisi ve karekterizasyonu için moleküler tekniği kullanabilir.

Bölüm Program Çıktıları

# Program Çıktı Id Açıklama
1 74396 Bitki patojenlerinin (fungus, virüs, bakteri vs.) özellikleri konusunda detaylı temel ve güncel bilgilere sahip olur ve oluşturdukları hastalıkları tanır.
2 74397 Tarım alanlarında sorun oluşturan yabancı otların morfolojik, biyolojik özellikleri ve zararları konusunda bilgiye sahip olur, yabancı otlar ile alternatif mücadele yöntemleri konusunda deneysel ve kuramsal özgün fikirler geliştirir.
3 74398 Tarım ve insanların yaşama alanlarında problem olan böcek, nematod, akar ve diğer zararlıları tanır, zarar şekillerini diğer biyotik ve abiyotik etkenlerin oluşturduğu zararlardan ayırır.
4 74399 Fungal ve bakteriyel hastalıklar, nematodlar, böcekler, akarlar ile kimyasal, biyolojik ve diğer alternatif mücadele yöntemleri konusunda bilgi sahibi olur.
5 74400 Bitki patojenlerinin, yabancı otların, böcek, nematod ve akar gibi zararlıların teşhis ve tanılanmasına yönelik geleneksel ve güncel laboratuvar yöntemlerini kendi alanında kullanır.
6 74401 Yabancı otların konvansiyonel ve moleküler düzeyde teşhisi, biyolojileri konusunda araştırma faaliyetleri yürütür.
7 74402 Böcek, nematod ve akarların laboratuvar şartlarında kitlesel üretimi için kullanılan yöntemleri uygular.
8 74403 Laboratuvar alet ve ekipmanlarını kullanır.
9 74404 Probleme yönelik hipotez geliştirir, bilimsel bir yaklaşım içerisinde laboratuvar, sera ve arazi şartlarında denemeler kurar.
10 74405 Deneme bulgularını yorumlar ve benzer çalışmaların sonuçları ile karşılaştırır.
11 74406 Bitki patojenlerini izole eder ve gerek in vitro gerekse in vivo şartlarda kültüre alır, biyolojik, moleküler, mikroskobik ve biyokimyasal yöntemler ile teşhis eder.
12 74407 Böcek, nematod, akar gibi bitki zararlılarını makroskobik ve mikroskobik teşhis kriterlerini kullanarak teşhis eder, laboratuvar ve arazi çalışmaları ile biyolojilerini izler.
13 74408 Bitki sağlığı ile ilgili olarak en uygun koruyucu ve tedavi edici yöntemleri seçer ve uygular.
14 74409 Bilimsel bir konudaki açıklamaları takip eder, plan yapar ve deneysel çalışmalar için sorumluluk alır.
15 74410 Bitkilerdeki biyotik ve abiyotik problemleri tanır, yorumlar ve çözer.
16 74411 Uzman olduğu alanda edindiği bilgileri kullanarak araştırma verilerini toplar ve analiz eder.
17 74412 Araştırma sonuçlarını lisansüstü tez olarak yazar ve bilimsel makale haline getir.
18 74413 Bireysel ve disiplinler arası çalışmaları planlama ve yürütme becerisi kazanır.
19 74414 Temel bilgisayar kullanımı ve yazılımlarını, bilişim ve iletişim teknolojilerini kendi alanında bilgiye erişme ve kaynak araştırması yapabilmek için verimli bir şekilde kullanır.
20 74415 Güncel mesleki konuları takip etmenin kariyerindeki önemini ve yaşamı boyunca “hayat boyu öğrenme” prensibini benimser.
21 74416 Uzman olduğu alandaki bilgisini ve fikirlerini, araştırma sonuçlarını sözlü ve yazılı değişik sunum teknikleri ile ifade eder, bilgi birikimini akademik ve tarımsal alanda çalışan kişilere ve öğrencilere aktarır.
22 74417 En az bir yabancı dil bilgisi ile kendi alanındaki bilgileri izleyebilir, bilimsel toplantıları takip edebilir ve birçok alandaki kişilerle iletişim kurar.
23 74418 Alanı ile ilgili konulardaki bilgilerin toplanması, analiz edilmesi, uygulanması ve duyurulması aşamasında bilimsel etik kurallarına göre hareket eder.
24 74419 Laboratuvar çalışmaları ve arazi uygulamalarında kullanılan malzeme ve ekipmanların kullanımından doğan olumsuzlukların azaltılması konusunda duyarlı olur.
25 74420 Doğal kaynakların korunması konusunda hassas, tarımsal uygulamaların çevresel ve küresel etkilerinin bilincindedir.
26 74421 Bitki patojenlerinin (fungus, virüs, bakteri vs.) özellikleri konusunda detaylı temel ve güncel bilgilere sahip olur ve oluşturdukları hastalıkları tanır.
27 74422 Tarım alanlarında sorun oluşturan yabancı otların morfolojik, biyolojik özellikleri ve zararları konusunda bilgiye sahip olur, yabancı otlar ile alternatif mücadele yöntemleri konusunda deneysel ve kuramsal özgün fikirler geliştirir.
28 74423 Tarım ve insanların yaşama alanlarında problem olan böcek, nematod, akar ve diğer zararlıları tanır, zarar şekillerini diğer biyotik ve abiyotik etkenlerin oluşturduğu zararlardan ayırır.
29 74424 Fungal ve bakteriyel hastalıklar, nematodlar, böcekler, akarlar ile kimyasal, biyolojik ve diğer alternatif mücadele yöntemleri konusunda bilgi sahibi olur.

Ögrenme Çıktı Matrisi

Program Çıktısı
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29
Öğrenme Çıktısı
1 5 4
2 5
3 5
4 5
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek

İletişim Bilgileri

Adres:
Ondokuz Mayıs Üniversitesi Rektörlük Binası Kurupelit Kampüsü, 55139 Atakum / SAMSUN
Telefon:
(362) 312 19 19
Eposta:
iletisim@omu.edu.tr