| 1 |
DNA barkodlamaya giriş: Neyi çözer, neyi çözmez? |
|
|
|
| 2 |
Barkodlamanın biyolojik temeli: mtDNA/nDNA farkı, kopya sayısı, evrim hızı; neden “standart bölge”? |
|
|
|
| 3 |
Barkod belirteci seçimi: COI (hayvanlar), rbcL/matK (bitkiler), ITS (mantarlar); primer mantığı |
|
|
|
| 4 |
Örnekleme ve iş akışı tasarımı: örnek saklama, zincirleme kayıt (metadata), kontrol stratejileri |
|
|
|
| 5 |
DNA izolasyonu prensipleri ve kalite ölçümü |
|
|
|
| 6 |
PCR: tasarım, optimizasyon, kontaminasyon önleme; agaroz jel kontrolü |
|
|
|
| 7 |
Sekanslama ve ham veri: Sanger mantığı, kromatogram okuma, kalite sorunları |
|
|
|
| 8 |
Dizi düzenleme ve kalite kontrol: trimming, ambiguiteler, kontaminasyon/numune karışması sinyalleri |
|
|
|
| 9 |
Ara sınavAra sınav |
|
|
|
| 10 |
Hizalama ve temel analiz: distance/benzerlik; “barcode gap” ve tür içi–türler arası varyasyon |
|
|
|
| 11 |
Referans veri tabanları: BOLD/GenBank; BLAST mantığı; tür atama kriterleri ve eşik tartışması |
|
|
|
| 12 |
Sonuçların raporlanması: belirsizlik yönetimi, yanlış-pozitif/yanlış-negatif, minimum raporlama standartları |
|
|
|
| 13 |
Barkodlamada zor vakalar: yakın türler, hibritleşme, mito-nüklear uyumsuzluk; çoklu marker yaklaşımı |
|
|
|
| 14 |
Metabarkodlama/eDNA’ya giriş ve uygulamalar: biyoçeşitlilik izleme, koruma, gıda/adli doğrulama |
|
|
|
| 15 |
Genel değerlendirme |
|
|
|
