1. Anasayfa

Ders Notları

100% Complete (success)
Dikkat !!! Lütfen okuyunuz ...

Öğretim Üyesi (Üyeleri): Dr. Öğr. Üyesi Hayrettin Saygın Doç. Dr. Sadık Demirtaş *

(*) Ders notu girebilmek için, bu alanda kendi isminiz yazıyor olmalı...

  • Bologna verilerinin girilmesi;
    ubys.omu.edu.tr adresinden,
    ÜBYS' de Öğretim Elemanları yetkisi seçilmeli... Öğretim elemanı danışmanlık işlemlerinden yapabilirsiniz...
Yıl: 2024, Dönem: Güz
MBG440, Filogeni (mufredatId:5258, dersId: 70197, programId: 5437)
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar

Evrimsel Analiz (2017): Feeman,S and Herron, J.C, (4. baskıdan çeviri), Palme yayınevi Evrim (2008) Futuyma, D.J. , Palme yayınevi Lemey, P., Salemi, M., ve Vandamme, A. M. (Eds.). (2009).The phylogenetic handbook: a practical approach to phylogenetic analysis and hypothesis testing. Cambridge University Press

Dersin İçeriği

Ders kapsamında, filogenetik çıkaraımları anlamlandırmak için öncelikli olarak sistematik, sınıflandırma ve taksonomi gibi temel kavramlara ait bilgiler verilecek, sonrasında amino asit ve DNA dizilerinde meydana gelen evrimsel değişiklikler ve baz değişim modelleri gibi temel moleküler kavramlar açıklanacaktır. Güncel filogenetik ağaç oluşturma metotları (uzaklık temelli, parsimoni temelli ve olasılık temelli yaklaşımlar) karşılaştırmalı olarak verilecek, moleküler saat kavramı üzerinde durulacaktır. Farklı taksonlara ait organizmalar kullanılarak moleküler veri setleri oluşturulacak ve in silico filogenetik çıkarımlar gerçekleştirilecektir.

Dersin Amacı

Türlerin benzerlik ve farklılık düzeylerini ölçmek ve onların evrimsel geçmişlerini anlamak için öğrencilere moleküler ve morfolojik verileri uygun belirteçler, örneklem büyüklükleri ve ağaç oluşturma metotları kullanarak analiz edebilme becerisinin kazandırılmasını sağlamaktır.

Haftalık Ders İçeriği

Hafta Teorik Uygulama Laboratuar Ders Notları
1 Sistematik, Sınıflandırma ve Taksonomi kavramları
2 Filogenetik Sistematikle İlgili Temel Kavramlar
3 Monofiletik, Polifiletik ve Parafiletik Taksonlar ve örnekleri
4 Sistematikte Sınıflandırma ve İsimlendirme Kuralları
5 Sinonim, Homonim ve Taksonomide Kullanılan Tip çeşitleri
6 Kladogenez, Anagenez, Homoloji ve Homoplasi kavramları
7 Moleküler saat hipotezi (fosil kayıtlar)
8 Filogenide uzaklık metotları
9 Ara Sınav
10 Filogenide tutumluluk metodu
11 Filogenide maksimum olasılık metodu
12 Filogenide Bayesian çıkarım metodu
13 NCBI kullanımı ve veri seti oluşturma
14 Dosya tipleri (Fasta, Nexus ve Phylip)
15 Filogenetik Uygulamalar ve yorumlama-1
16 Filogenetik Uygulamalar ve yorumlama-2