Ders Notları

100% Complete (success)
Dikkat !!! Lütfen okuyunuz ...

Öğretim Üyesi (Üyeleri): Prof. Dr. Kamil Işık *

(*) Ders notu girebilmek için, bu alanda kendi isminiz yazıyor olmalı...

  • Bologna verilerinin girilmesi;
    ubys.omu.edu.tr adresinden,
    ÜBYS' de Öğretim Elemanları yetkisi seçilmeli... Öğretim elemanı danışmanlık işlemlerinden yapabilirsiniz...
Yıl: 2023, Dönem: Bahar
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar

Hillis D. M. and Moritz C 1996 Molecular Systematics, 2. Edition Sinauer Assoc. Salemi M and Vandamme A. M. 2004 the Phylogenetic Handbook. A practical approach to DNA and protein Phylogeny. Cambridge Univ. Press

Dersin İçeriği

Moleküler verileri kullanarak filogenetik analizlerin temel teorik bilgilerini ve uygulmalarını içermektedir. Biyoinformatik yazılımları ve çeşitli çıkarım metodları için filogenetik yazılımları (Maximum olasılık, Bayesian, Parsimoni) kullanmayı öğrenecekler. Moleküler Verilerin tür ve gen analizinde kullanılması, çoklu dizi hizalama; Karakterler ve Parsimoni analizlerine giriş, Protein Evrim Modelleri, Amino Asit Değişme matrisleri, Uzaklık Metodları, Filogenetik veriler ve hipotezler.

Dersin Amacı

Dersin amacı prokaryotik sistematik araştırmalarda temel parametrelerin ve analiz yöntemlerinin öğretilmesidir.

Haftalık Ders İçeriği

Hafta Teorik Uygulama Laboratuar Ders Notları
1 Filogenetiğe Giriş
2 Primer Dizaynı
3 PCR optimizasyonu ve sorun giderme
4 Sekans benzerliği arama algoritmaları, BLAST'ın bütün formlarını kullanarak genomik veritabanlarını tanıma
5 Çoklu sekans dizilimi Clustal, Mega programlarında sekansların alignı-hizalanması
6 DNA'nın mutasyonel değişim sekansı, Uzaklık hesaplama
7 Moleküler Evrim'in modellenmesi
8 Terminolojiye genel bakış, homoloji ve homoplasi, karakter kodlama, dal uzunlukları, evrimsel değişimin hesaplanması, uzaklık metodu
9 Ara Sınav
10 Olasılık hesaplama
11 Likelihood hesaplamaları ve Bayes Teorisi
12 Gen duplikasyonları, gen aileleri, gen ağaçları, tür ağaçları
13 Farklı gen bankalarından verilerin eldesi
14 Verilerin Filogenetik Analizi
15 Verilerin Filogenetik Analizi ve soyağaçların oluşturulması
16 Final Sınavı