1. Anasayfa

Ders Notları

100% Complete (success)
Dikkat !!! Lütfen okuyunuz ...

Öğretim Üyesi (Üyeleri): Dr. Öğr. Üyesi Hayrettin Saygın *

(*) Ders notu girebilmek için, bu alanda kendi isminiz yazıyor olmalı...

  • Bologna verilerinin girilmesi;
    ubys.omu.edu.tr adresinden,
    ÜBYS' de Öğretim Elemanları yetkisi seçilmeli... Öğretim elemanı danışmanlık işlemlerinden yapabilirsiniz...
Yıl: 2025, Dönem: Güz
FMBG617, Genomik (mufredatId:6608, dersId: 38150, programId: 5268)
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar

Genomlar 3, Garland Science, T. A. Brown, Çeviri Editörü: Fevzi Bardakcı, Yayınevi: Nobel Akademik Yayıncılık, 2015, Türkçe. Genomes 4 – T.A. Brown, Wiley-Blackwell. Principles of Genome Analysis and Genomics – Sandy B. Primrose, Richard Twyman, Wiley-Blackwell.

Dersin İçeriği

Genomik bilimine giriş, genom organizasyonu, prokaryotik ve ökaryotik genomların yapısı, yeni nesil dizileme (NGS) teknolojileri, genom montajı ve anotasyonu, karşılaştırmalı genomik, fonksiyonel genomik yaklaşımlar, transkriptomik ve epigenomik temelleri, genom temelli evrimsel analizler, genom veri tabanları ve biyoinformatik araçların kullanımı.

Dersin Amacı

Bu dersin amacı, genom organizasyonu, genomik analiz yöntemleri, yeni nesil dizileme teknolojileri ve genom verilerinin biyoinformatik araçlarla yorumlanmasına ilişkin temel ve ileri düzey bilgileri öğrencilere kazandırmaktır. Öğrencilerin genom düzeyindeki yapısal ve fonksiyonel ilişkileri anlayarak mikroorganizmalardan ökaryotlara kadar geniş bir yelpazede genomik verileri analiz edebilmesi hedeflenmektedir.

Haftalık Ders İçeriği

Hafta Teorik Uygulama Laboratuar Ders Notları
1 Genomik disiplininin tanımı, tarihsel gelişimi, genom kavramı ve temel terminoloji.
2 Prokaryotik ve ökaryotik genomların yapısı, kromozom organizasyonu, gen yoğunluğu ve genom mimarisi.
3 NCBI, EMBL-EBI, DDBJ, Ensembl, UniProt; genom veri türleri ve erişim yöntemleri.
4 NGS platformları (Illumina, Nanopore, PacBio), dizileme çalışma prensipleri, avantajlar ve sınırlılıklar.
5 De novo ve referans tabanlı montaj, montaj algoritmaları, kalite değerlendirme.
6 Yapısal ve fonksiyonel anotasyon, ORF tahmini, gen bulma araçları, protein domain tahminleri.
7 Ortolog/paralog analizi, genom karşılaştırma yöntemleri, evrimsel çıkarımlar.
8 Genom genişliğinde filogenetik yaklaşımlar, gen aileleri, evrimsel ilişkilerin rekonstrüksiyonu.
9 RNA-Seq prensipleri, gen ekspresyon analizi, diferansiyel ifade analizi.
10 DNA metilasyonu, histon modifikasyonları, epigenetik düzenleme mekanizmaları.
11 Gen fonksiyonunun belirlenmesi, knock-out/knock-down sistemleri, CRISPR uygulamaları.
12 Proteomik yaklaşımlar, protein yapısı ve ilişkileri, protein-protein etkileşim ağları.
13 Mikrobiyal topluluk genomikleri, 16S/shotgun metagenom analizi, çevresel genomik.
14 Komut satırı araçları, genom veri işleme, veri görselleştirme ve raporlama.
15 Güncel genomik çalışmalar