Ders Notları

100% Complete (success)
Dikkat !!! Lütfen okuyunuz ...

Öğretim Üyesi (Üyeleri): Prof. Dr. Münir Tunçer *

(*) Ders notu girebilmek için, bu alanda kendi isminiz yazıyor olmalı...

  • Bologna verilerinin girilmesi;
    ubys.omu.edu.tr adresinden,
    ÜBYS' de Öğretim Elemanları yetkisi seçilmeli... Öğretim elemanı danışmanlık işlemlerinden yapabilirsiniz...
Yıl: 2025, Dönem: Güz
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar

Systems Biology. Ed: Ivan V. Maly. DOI: 10.1007/978-1-59745-525-1

Dersin İçeriği

Hastalık, ilaç ve tedaviler alanında: i. Hastalık tanı ve tedavisi ile ilaç geliştirme işlemlerinin gerçekleştirilebilmesi; ii. tasarımı yapılan ilaçların sanal ortamda hazırlanan modeller üzerinde denenerek bir öngörü elde edilebilmesi; iii. fenotip-genotip ilişkisinin anlaşılması; iv. genotip ve çevresel faktörler arasındaki etkileşimin belirlenmesi; v. hastalık mekanizmasının anlaşılması için sinyal iletim yolaklarının çözülmesi ve vi. tedaviye yönelik ajanların geliştirilmesi için sistemler biyolojisinden nasıl yararlanıldığı, Biyoteknoloji alanında: i. Sistem biyoloji çalışmaları ile özellikle mikroorganizmalar ile ilgili elde edilen veriler; ii. bitkisel ve bakteriyel kaynaklı üretilen pek çok ürünün elde edilmesi ve iii. hem sistemlerin çözülmesi hem de elde edilen ilaçların denenebileceği yapay sistemlerin oluşturulması için sistemler biyolojisinin gerekliği ele alınmaktadır.

Dersin Amacı

Biyolojik sistemler içindeki karmaşık etkileşimlere odaklanan ve biyolojik araştırmalara bütüncül bir yaklaşım (daha geleneksel indirgemecilik yerine bütüncüllük) kullanan, biyoloji temelli disiplinlerarası bir çalışma alan olan Sistem biyolojisinin çok yönlü araştırma alanlarını ve yöntemlerini kavramak.

Haftalık Ders İçeriği

Hafta Teorik Uygulama Laboratuar Ders Notları
1 Giriş: Biyolojide Sistem Yaklaşımına Pratik Bir Kılavuz
2 Biyokimyasal Ağların Hesaplamalı Modellenmesi
3 Moleküler Düzenleyici Ağların Modellenmesi
4 BioNetGen ile Biyokimyasal Sistemlerin Kural Tabanlı Modellenmesi
5 Sistem Biyolojisi Araştırmaları için Mikroakışkan Teknolojisi
6 Terapötik Tasarımda Sistem Yaklaşımı
7 Kantitatif Ultrastrüktürel Özelliklere Dayalı Bir Hücre Mimarisi Modelleme Sistemi
8 Ara SınavAra Sınav Midterm exam
9 Lokasyon Proteomiği: Hücre İçi Proteinlerin Sistematik Belirlenmesi Lokasyon Proteomiği: Hücre İçi Proteinlerin Sistematik Belirlenmesi
10 CompuCell3D Simülasyon Ortamı Kullanılarak Gelişim ve Hastalıkların Çok Hücreli Simülasyonları
11 Biolog: İmmünologlar için Matematiksel Bir Modelleme Çerçevesi
12 Mikrobiyal Toplulukların Sistem Biyolojisi
13 Sistem Biyolojisindeki Zorluklar
14 Güncel makale değerlendirme
15 Final SınavıGüncel makale değerlendirme